簡化科學家如何共享數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)通常是科學的核心–研究人員跟蹤速度，測量來自恒星的光，分析心率和膽固醇水平并掃描人腦中的電脈沖。

但是，通常很難與其他科學家，同行評審的期刊編輯或資助者共享數(shù)據(jù)。該軟件可能是專有軟件，購買價格過高。一個人可能需要多年的培訓才能管理和理解該軟件。否則創(chuàng)建軟件的公司可能會倒閉。

一個研究小組開發(fā)了一個開源數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，科學家希望該系統(tǒng)能夠解決所有這些問題。研究人員在《PLOS ONE》雜志上概述了他們的系統(tǒng)。

“我們希望創(chuàng)建一種文件格式和數(shù)據(jù)集模型，以封裝我們在實驗室的所有儀器上處理的大多數(shù)數(shù)據(jù)集，” 俄亥俄州立大學化學教授 ，該論文的資深作者Philip Grandinetti說。 。“這個長期存在的問題在科學家中普遍存在，那就是您購買了價值數(shù)百萬美元的儀器，而制造該儀器的公司卻擁有自己的專有格式，這是與其他任何人共享的噩夢。”

大型數(shù)據(jù)集很難共享，部分原因是軟件通常是專有的，部分原因是文件通常太大，以至于難以通過電子郵件或基于云的服務器共享。即使文件可以導出為可以共享的文件類型，重要的元數(shù)據(jù)(解釋數(shù)據(jù)集實際內(nèi)容的東西)也經(jīng)常丟失。

他們的系統(tǒng)被Grandinetti及其同事稱為“核心科學數(shù)據(jù)模型”，旨在輕松共享復雜的數(shù)據(jù)集，而無需占用大量帶寬和硬盤空間的海量文件，并且不會丟失元數(shù)據(jù)?？紤]一個包括空氣溫度，氣壓，風速和太陽通量的數(shù)據(jù)集-該系統(tǒng)可以處理它?；蚩紤]來自遙遠星系中恒星的光的測量結(jié)果和顏色-該系統(tǒng)可以處理它。

Grandinetti說：“您需要一個非常靈活的數(shù)據(jù)集，能夠以一種文件格式保存所有這些內(nèi)容，而又不會丟失信息。” “所以，我們的想法是創(chuàng)建一個我們認為足夠靈活的模型來做到這一點。”

俄亥俄州立大學的團隊與丹麥奧爾胡斯大學的Thomas Vosegaard教授以及法國奧爾良大學的Dominique Massiot博士合作，開發(fā)了可以在Mac或PC上運行的軟件。 他們將其上載到Web上 并使代碼開源(這意味著任何人都可以查看，使用和免費下載它。)PLOS ONE的發(fā)布是有意的：該期刊也免費提供給任何人。

而且，研究人員希望，該系統(tǒng)可以是一種簡單，免費的方法，可以將多種類型的數(shù)據(jù)組合到一個位置。

博士后研究員Deepansh Srivastava表示：“我們以科學家的身份研究多個數(shù)據(jù)集，而作為一名科學家本人，我希望能夠從所有這些文件中獲取數(shù)據(jù)，并以一種可以使用的方式將它們放在一起。”在Grandinetti的團隊中。

“如果我們可以簡單地將其導出為一種文件類型(作為核心科學數(shù)據(jù)文件類型)，而不是尋找數(shù)據(jù)并將其從數(shù)據(jù)集中提取，我們將能夠在一個通用系統(tǒng)中工作。”